Парабельский район богат природными ресурсами — нефтью, газом, лесом, торфом и др. Природные условия его разнообразны.

Рельеф

Для Парабельского района характерен равнинный рельеф. Абсолютные высоты здесь не превышают 200 м. В его пределах выделяются следующие части крупных рельефных единиц: Обь-Тымской низменности, Васюганской и Кетско-Тымской наклонных равнин.

Полезные ископаемые

На территории района обнаружены месторождения нефти, газа, кирпично-керамзитовые глины, торф.

Подземные воды

Это одно из богатств Парабельского района. Территория Томской области подразделяется на четыре неравных по площади и запасам подземных вод районов, различающихся по характеру и возможностям централизованного водоотбора с учетом изменчивости водообильности и проницаемости отложений, мощности зоны, качества и экологической защищенности пресных вод. На площадь Парабельского района из них заходят три.

Климат

Климат Парабельского района, как и всей Томской области, континентально-циклонический, суровый. Среднегодовая температура воздуха изменяется от — 1,4 °С на юго-западе района до — 2,8 °С на северо-востоке. Из-за большой протяженности района с юго-запада на северо-восток (около 450 км) его климат неоднороден.

Воды

Реки. Густота речной сети на территории Парабельского района составляет 0,25 — 0,30 км/км². Местные реки извилисты, имеют малые уклоны. Наиболее крупными реками, дренирующими территорию района, являются Обь, Парабель и Пайдугина.

Озера. На территории Парабельского района среди болот расположено самое крупное озеро Томской области — Мирное. Оно имеет площадь 18,3 км² и находится в бассейне р. Чузика к северо-западу от с. Пудино. Длина его 6 км, ширина — 3,5 км. Озеро мелкое, преобладают глубины 2 — 4 м. Берега водоема низкие, сложены песком и торфом. Озеро Мирное образовалось более 5400 лет. Кроме того, много озер в поймах рек, встречаются они и на болотах.

Почвы и растительность

Территория Парабельского района расположена в пределах двух подзон таежной зоны Западно-Сибирской равнины, правобережная часть района — в пределах средней тайги, а левобережная — в южной тайге. В правобережной части района произрастают пихтово-елово-кедровые, елово-кедровые, сосновые, березовые леса тяготеющие к наиболее дренированным участкам.

Левобережье Парабельского района располагается в пределах южной тайги. Растительность здесь разнообразна. В верховьях р. Чижапки развиты березовые леса с примесью пихты, ели, кедра, кедрово-пихтовые, пихтово-елово-кедровые леса.

Обская пойма в пределах района широка — от 16 до 32 км. Растительный покров ее отличается от окружающих территорий. В растительном покрове главную роль играют сырые осоковые луга. Леса (ивняки, березняки, топольники) составляют около 16% территории, кустарниковые заросли (в основном ивняки)  — 13%. Болот почти нет.

Запасы леса Парабельского района (расчётная лесосека) составляют 4.3 млн.куб.м., из них хвойные леса — 1 млн.куб.м.

Животный мир

Большая часть животных Парабельского района — представители тайги: белка, соболь, бурый медведь, лось, рысь, бурундук, колонок, заяц-беляк, глухарь, рябчик, кедровка, поползень и др. В верховьях рек Чижапки и Чузика встречается обыкновенный еж. Бобры в Парабельском районе встречаются в верховьях р. Нюрольки, бассейне р. Парабели. Есть Алтайский, или сибирский крот, встречается обыкновенный хомяк. В 1930-е гг. в Западную Сибирь была завезена ондатра, которая через два десятилетия расселилась по всей территории и стала одним из обычных видов, обитающих по берегам водоемов.

В 1940-х гг. в Парабельский, Чаинский и Колпашевский районы из лесостепи было завезено 179 особей светлого хоря. В настоящее время он обитает на открытых местностях -сельхозугодьях.

В 1933 г. в тайгу Западно-Сибирской равнины была выпущена американская норка. Сегодня около 2 тысяч норок обитает как по берегам водоемов, так и в междуречьях.

Животный мир водоемов также богат, насчитывает около 30 видов. Наиболее ценными видами рыб являются осетр, нельма, муксун, сырок, стерлядь. Обычны в реках елец, налим, язь, щука, окунь, ерш и др. В озерах обитают карась, линь.

Не менее разнообразна и орнитофауна рек и озер. Это водоплавающие: кряква, чирок-свистунок, шилохвость, серый гусь, нырки, свиязь и др. Чайки, крачки, кулики также обычны для водоемов.